xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備機械剪切試劑盒 v2 可制備適用于使用降解樣本的多類研究應用的二代測序 (NGS) 文庫,這些應用包括:
低頻體細胞變異 SNP 識別
插入/缺失 (insertions/deletion, indel)
識別遺傳種系 SNP 和 indel
全基因組測序 (WGS)
xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備實驗方案需要大約 4 個小時,僅包括四個主要步驟,充分減少了樣本處理操作(圖 1):
末端修復。 末端修復酶混合物將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA(如 FFPE DNA)轉化為可用于連接的平末端 DNA。
連接 1。 在連接 1 酶的催化作用下,將連接 1 接頭單鏈添加到剪切 DNA 片段的 3' 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來,可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個封閉基團,以防止形成接頭二聚體。
連接 2。 連接 2 接頭充當引物,與連接 1 接頭互補,填充堿基間隙,然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端,以形成雙鏈產物。
PCR 擴增。 包含 xGen 2x HiFi PCR 混合液,用于執行加標簽 PCR(引物單獨出售),以便于進行 Illumina® 測序。
圖 1. xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機械剪切試劑盒工作流程。 在第一步中,末端修復酶將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA 轉化為可用于連接的平末端 DNA。然后,在連接 1 酶的催化作用下,將連接 1 接頭單鏈添加到 DNA 插入片段的 3′ 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來,可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個封閉基團,以防止形成接頭二聚體。連接 2 接頭充當引物,與連接 1 接頭互補,填充堿基間隙,然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端,形成雙鏈產物。在最后一步中,通過 IDT 2x HiFi PCR 混合液進行 PCR,在片段上加上樣本標簽序列,以便在 Illumina® 平臺上測序。
xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機械剪切試劑盒包括末端修復、連接 1 和連接 2 反應以及 PCR 所需的所有試劑。
表 1. 規格參數、更多試劑和設備。
功能 | 詳情 |
---|---|
樣本類型 | 高品質 DNA、cfDNA、來自 FFPE 樣本的 DNA |
起始量范圍 | 1–250 ng |
接頭 | 包含 |
標簽引物(不包含) | xGen UDI 引物* |
PCR 擴增試劑 | xGen 2x HiFi PCR 混合液,包含 |
兼容的測序平臺 | Illumina® 測序儀 |
兼容的雜交捕獲封閉序列 | xGen Universal Blockers—TS Mix |
xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機械剪切試劑盒經過優化,可與 xGen 雜交捕獲探針和試劑無縫配合使用(圖 2)。無論您的項目需要全外顯子組測序還是定制探針組,IDT 均可提供適合您的捕獲解決方案。
圖 2. 雜交捕獲和測序研究工作流程概覽。
Syntezza Bioscience 成立于 2003 年,專注于在以色列提供先進的分子生物學產品和測序服務,我們是以色列的供應商。 Syntezza 為學術和政府研究機構、醫院和 HMO 以及制藥、農業、環境、生物技術和醫療診斷行業的企業客戶提供服務。Syntezza經銷IDT-Integrated DNA Technologies全系列DNA、RNA和CRISPR產品,IDT和MGI的NGS Library Prep試劑盒,GRiSP的研究試劑,BioBasic的定制基因和肽,BioBasic的定制mRNA和庫存產品TriLink、GenTegra 的 DNA 和 RNA 穩定試劑盒以及內部開發的研究試劑。