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抗體陣列的多重蛋白質(zhì)檢測

更新時間:2023-08-01      點擊次數(shù):740

微陣列是一種能夠同時檢測多個分子(例如核酸、肽、蛋白質(zhì)或抗體)的測定方法。它們被稱為“微"陣列,因為分析物是在很小的表面積內(nèi)測量的;例如,可以在標準載玻片(75 毫米 x 25 毫米)上分析數(shù)千個分子。這些工具在研究和臨床中具有無價的價值,因為這些數(shù)據(jù)代表了某一時間點發(fā)生的生物過程的大快照。用于測量蛋白質(zhì)的一種微陣列是抗體陣列。與一次僅分析一種蛋白質(zhì)的“單重"測定(例如酶聯(lián)免疫吸附測定)相比,抗體陣列提供了一種更實惠且更具成本效益的替代方案,且樣品量要求(ELISA)。

抗體陣列的工作原理

抗體陣列將捕獲抗體固定到固體基質(zhì)上,例如載玻片、膜或微珠。對于平面陣列,具有已知結(jié)合特異性的不同捕獲抗體以可尋址格式點樣到標準顯微鏡載玻片或硝酸纖維素膜上(圖 1A)。對于基于珠子的陣列,捕獲抗體被固定到具有不同尺寸和熒光特性的不同珠子上。由于每種特異性抗體都固定在具有特征的珠子上,因此每個珠子的蛋白質(zhì)靶標是已知的。

圖 1. 陣列基底和信號檢測。 (A)為了生產(chǎn)抗體陣列,捕獲抗體以可尋址的形式固定在玻璃、膜或微珠上。不同的顏色表示不同的目標蛋白。(B)使用熒光或化學發(fā)光進行多重蛋白質(zhì)檢測。


圖 2.基于標記的免疫測定法和基于夾心的免疫測定法的比較。 (A)捕獲抗體與生物素化蛋白質(zhì)結(jié)合。(B)目標蛋白夾在捕獲抗體和生物素化檢測抗體之間。(C)蛋白質(zhì)上的目標聚糖部分夾在捕獲抗體和生物素化凝集素之間。


定性、半定量和定量數(shù)據(jù)

抗體陣列可以生成用于多重蛋白質(zhì)檢測的定性、半定量或定量數(shù)據(jù)(圖 3)。定性數(shù)據(jù)的一個例子是僅通過肉眼評估的蛋白質(zhì)印跡條帶的強度。然而,通過定性評估很難準確估計光斑強度;因此,半定量和定量數(shù)據(jù)是優(yōu)選的。

半定量和定量數(shù)據(jù)具有一定值的熒光或化學發(fā)光輸出;例如,像素強度。半定量和定量數(shù)據(jù)之間的主要區(qū)別在于,定量數(shù)據(jù)具有可以與樣本數(shù)據(jù)進行比較的標準曲線。可以通過半定量數(shù)據(jù)獲得樣品之間的相對表達差異(即倍數(shù)變化)。通過定量數(shù)據(jù)獲得精確的蛋白質(zhì)濃度。

用于多重蛋白質(zhì)檢測的陣列生成的數(shù)據(jù)輸出類型
圖 3. 從蛋白質(zhì)印跡實驗示例中獲得的定性、半定量和定量數(shù)據(jù)的比較。


數(shù)量要求

分析所需的樣品量取決于樣品稀釋度、基質(zhì)(即膜、玻璃、珠子)和設(shè)計原理(即基于標簽、基于夾心)。

樣品稀釋

樣品應至少稀釋 2 倍,以避免出現(xiàn)稱為“樣品基質(zhì)效應"(SME) 的現(xiàn)象,這是非線性稀釋響應和不準確數(shù)據(jù)的常見原因。當樣品中的蛋白質(zhì)或其他成分影響抗體與其靶分子結(jié)合的能力時,就會發(fā)生這種情況。例如,蛋白質(zhì)可能與目標分子結(jié)合,從而阻斷抗體的結(jié)合位點(圖 4A)。中小企業(yè)是已知和未知原因的結(jié)果。然而,通過適當?shù)臉悠废♂專|(zhì)效應可以忽略不計(圖 4B)。最佳稀釋度會根據(jù)樣品類型、實驗和目標分子而有所不同;因此,在運行整個實驗之前,用一些樣品優(yōu)化實驗條件非常重要。一種可能不需要稀釋的樣品類型是尿液,因為它的蛋白質(zhì)含量非常低。

對于血清和血漿以外的樣品,樣品稀釋前的原始總蛋白濃度應至少為 1 mg/ml。然而,建議總蛋白濃度高于 2 mg/ml 以改善信號。這些濃度不包括可與條件培養(yǎng)基樣品一起使用的任何血清(例如胎牛血清)。重要的是,使用濃度低于 1 mg/ml 的條件培養(yǎng)基樣品仍可實現(xiàn)陣列上的高信噪比,因為上清液的蛋白質(zhì)含量低于細胞和組織。個體之間血清和血漿中的蛋白質(zhì)濃度范圍很窄,平均總蛋白質(zhì)濃度約為 70 mg/ml。

不同的細胞和組織含有不同量的蛋白質(zhì)。因此,加載到陣列上的細胞、組織和樣品的量必須憑經(jīng)驗確定。盡管如此,良好的起點是:每 100 萬個細胞或 10 mg 組織使用 500 µL 裂解緩沖液,在 100 mm 組織培養(yǎng)板中接種約 100 萬個細胞,并培養(yǎng) 5 天作為培養(yǎng)基樣品。

請參閱我們的其他博客,了解有關(guān)制備用于免疫測定的細胞和組織裂解物條件培養(yǎng)基樣品血清/血漿樣品尿液的更多信息。

基板及設(shè)計原理

由于膜陣列的表面積較大,因此比玻璃陣列和珠陣列需要更多的樣品。然而,基于膜的陣列仍然是多重蛋白質(zhì)檢測的流行選擇,因為它們易于操作,可以使用常見且廉價的儀器檢測其化學發(fā)光,并且它們的背景噪聲通常低于細胞和組織的玻璃基陣列裂解物。

利用基于標記的陣列,每種樣品蛋白質(zhì)都可以與大量生物素分子結(jié)合,從而放大信號并提高靈敏度。因此,基于標簽的陣列需要非常低的樣本量。表 1 提供了基于陣列基質(zhì)和設(shè)計原理的血清樣品體積要求的比較。列出的體積未考慮移液誤差或管側(cè)面的樣品損失。

樣品基質(zhì)效應會對多重蛋白質(zhì)檢測產(chǎn)生負面影響
圖 4. 樣品基質(zhì)效應導致非線性稀釋響應。 (A) SME 示例,其中當總蛋白濃度較高時,蛋白質(zhì)(黃色)與目標分子(綠色)結(jié)合,從而阻止檢測抗體結(jié)合。(B)稀釋實驗示例,其中當樣品稀釋至少 64 倍時,SME 變得可以忽略不計。

表 1. 基于固體支持物的血清體積要求和抗體陣列的設(shè)計原理

* 血清樣品的標準稀釋液。

基于標簽的抗體陣列與Sandwich-based的抗體陣列

基于標簽的數(shù)組

基于標記的抗體陣列每種蛋白質(zhì)僅使用一種抗體:捕獲抗體(圖 2A)。因此,由于有大量可用抗體,非常高密度的陣列是可能的。由于抗體可以與非靶蛋白發(fā)生交叉反應,因此使用基于標記的陣列獲得的任何結(jié)果都應使用正交平臺(例如蛋白質(zhì)印跡)進行驗證。 RayBiotech 提供用于多重蛋白質(zhì)檢測的高密度標記陣列(L 系列),可測量多達 6,000 種人類蛋白質(zhì);第1308章 鼠類蛋白; 1500 種大鼠蛋白;或同時 500 個兔蛋白 。

基于標簽的數(shù)組摘要
  • 最高密度

  • 特異性低于夾心陣列

  • 所需樣品量非常低

  • 半定量數(shù)據(jù)

  • 固體支撐:玻璃和膜

  • 生物標志物發(fā)現(xiàn)的選擇

 Sandwich-based的陣列

基于三明治的陣列具有非常高的特異性,因為每種蛋白質(zhì)需要兩種不同的抗體才能檢測到固定化蛋白質(zhì)(圖 2B)。然而,找到可以在夾心免疫測定中配對的兩種抗體可能需要進行廣泛的抗體篩選。抗體不僅必須與同一蛋白質(zhì)上的不同區(qū)域(或表位)結(jié)合,而且表位必須易于在平臺上結(jié)合。在某些情況下,兩種抗體可能不會作為捕獲-檢測對工作,而是以檢測-捕獲配置工作。

RayBiotech 提供基于膜(C 系列)、珠子(RayPlex)和玻璃(G 系列磷酸化陣列Quantibody)基質(zhì)的夾心陣列。這些陣列可以測量多達1,200 種人類蛋白質(zhì); 640 種小鼠蛋白質(zhì);或同時 67 種大鼠蛋白。使用這些陣列檢測到的其他物種包括牛、犬、貓、馬、豬、兔、恒河猴、雞、海豚和綿羊。 RayPlex 和 Quantibody 陣列都提供定量數(shù)據(jù)。

 Sandwich-based的陣列總結(jié)
  • 低密度到高密度

  • 最高特異性:每個靶標有兩種抗體(即抗體對)

  • 半定量和定量數(shù)據(jù)

  • 固體支持物:玻璃、膜和珠子

  • 臨床試驗和生物標志物驗證的選擇

表 2 提供了 RayBiotech 提供的基于標記的抗體陣列和基于夾心的陣列的比較。圖 5 描繪了幫助在多重蛋白質(zhì)檢測的定性、半定量或定量數(shù)據(jù)之間做出決定的決策樹。


表 2. 基于標簽和 Sandwich-based的抗體陣列的比較

用于多重蛋白質(zhì)檢測的抗體陣列的比較
數(shù)組決策樹
圖 5. 幫助選擇適合實驗的抗體陣列的決策樹。 * = 對所有需要 RayBiotech(美國佐治亞州)提供的兼容激光掃描儀的玻璃基陣列進行免費掃描和數(shù)據(jù)提取。還提供完整的測試服務(wù),包括樣品處理、掃描、數(shù)據(jù)提取和數(shù)據(jù)分析。


結(jié)論

抗體陣列是一種用于蛋白質(zhì)分析和多重蛋白質(zhì)檢測的強大技術(shù)。抗體芯片具有不同類型的格式和數(shù)據(jù)輸出,可以滿足不同的研究需求和能力。可同時分析數(shù)百至數(shù)千種蛋白質(zhì)的高密度陣列是大規(guī)模蛋白質(zhì)分析和生物標志物發(fā)現(xiàn)研究的理想選擇。還有一些較小的小組專注于特定的生物過程或途徑,例如炎癥、生長因子、血管生成和肥胖。值得注意的是,抗體陣列的面板可以定制,并且可以為人員、時間或儀器有限的實驗室提供完整的測試服務(wù)



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